当年的NJ4A型平车和5D箱，在缺乏了对从我国当时铁路运输的实际情况出发，没有充分利用机车车辆限界空间的情况下采用了ISO标准系列，从而浪费大量铁路运输能力。因此后来要求要发展国内新型集装箱和与之配套装运的车辆。1986年9月，北京二七车辆厂开始设计，1986年11月底试制出5辆样车。1987年9月在四方车辆研究所进行了该车车体的静强度试验，1988年1月进行了修改设计，2月份又生产出两辆加强方案样车，6月1日通过部级鉴定并于7月份投入批量生产，并暂定为N16A；从1988年12月份起车型改为X6A型。运用期间根据用户提出的防盗要求，车体底架上又增加了防止箱门意外开启的门止装置，从1988年12月起所有新造的X6A型集装箱平车均加装门止挡装置。