SSJ3型电力机车车体下部布置有两台三轴低位牵引动力转向架，一台卧式牵引变压器布置在两台转向架的中间、吊挂在车体的下面；高压电气设备集中布置在车顶；在机车的两端分别设有规范化司机室，两个司机室的中间为设备室；设备室内设有600mm宽的中间走廊，将两端的司机室连接在一起；设备室分成三部分：I 端设备室、变流器室、Ⅱ端设备室。

机车司机室符合规范化司机室的设计要求。操纵台采用人机工程学设计，在仪表台上设置有监控显示屏、微机显示屏、空气压力表组合模块；司机室内设有信号显示器、辅助调车控制器、司机座椅、端子柜、热水器、电暖器、紧急放风阀、灭火器等消防、生活设备用品。司机室的顶部布置有顶置式机车空调（冷暖）、风扇、头灯、司机室灯等设备。司机室前窗采用电加热玻璃，窗外设有电动雨刮器，窗内设有电动遮阳帘；侧窗外设有机车后视镜。

SSJ3型电力机车仅生产一台原型车，车号为 0001。