直至2015年12月24日,CJ1型实验列车曾配属沈阳铁路局用于科研目的。而由2018年2月18日起,此等动车组正式配属沈阳南动车所,并于同年3月起担当沈丹大动车组列车的本务车辆。
2019年,该动车组被改型为CRH3A,量产的CRH3A的所有座椅均可旋转,还采了用不同车身涂装。